一部カードを除く等（あるいは禁則）することは可能です。
但し、ご懸念の通り直交性（水準の均等露出性）が低下するため、分析上はできるだけ避けた方が宜しいかと存じます（多重共線性の問題が発生する）。

「あり得ない」、要するに矛盾が発生するような水準同士のペアは禁則した方が良いかと存じますが、禁則はできるだけ少なくした方が良いということになります。

実際にはご希望の禁則を設定して相関係数等で直交性に問題ないかを事前に確認する必要があります。

つまり、「品質や機能性が低いのに、価格が高い」や「高品質、高機能なのに安い」等、実際の市場にはないが、いわゆる矛盾ではないような、あるいは強い違和感がないようなものについては放っておくことで問題ないかと思います。必ずしも実際の市場に合わせる必要はないということです。

むしろ「品質や機能性が低いのに高い」カードは単に選ばれないだけですし、その逆は選ばれやすいということになりますので、それはコンジョイント分析上の有用な情報となります。